畜禽粪便是中国传统的优质有机肥料。增施有机肥，可减少化肥使用量，改良土壤结构，显着提高农产品品质，是促进农业可持续发展、生产无公害农产品的重要措施。对集约化养殖场畜禽粪便进行无害化处理与肥料化利用，不仅可有效解决集约化畜禽养殖场环境污染问题，防治农业面源污染，实现畜牧业清洁生产，还可生产优质有机肥料产品，推动有机肥料产业化进程，实现生态农业可持续发展，达到区域“养殖业”与“种植业”有机结合、协调发展，促进农业废弃物处理利用良性循环。
自然堆沤发酵法
自然堆沤发酵法将畜禽粪便堆放在发酵池里，用秸秆将表面覆盖，经过长时间的自然厌氧发酵(有的长达几年)，到施肥季节时，直接施入地里。这种方式在偏远地区的小农场曾广泛采用，其主要原因:一是小农场地处偏远地区，远离居民区，地域辽阔;二是自然堆沤发酵好的肥料在小农场内部就近使用，不必远距离运输。但中国集约化畜禽养殖场大多集中在城市郊区，离居民区很近，周围没有大量土地可以就近消纳源源不断产生的畜禽粪便。
晾晒干燥法
晾晒干燥法是将畜禽粪便均匀摊放在场地上，利用太阳能进行自然干燥。该方法投资少，成本低，但占地面积大，环境污染严重，肥料养分损失多，且雨雪季节难以正常生产，产品较难达到无害化要求。该方法适合于畜禽散养户处理零星畜禽粪便，不适合于集约化畜禽养殖场处理量大而集中的畜禽粪便。
直接快速烘干法
直接快速烘干法是采用高温热烟道气将畜禽粪便直接烘干、灭菌，并将产品含水率控制在安全贮存水分以下的快速处理方法。直接快速烘干法具有快速加工、操作简单、产品质量好、不受气候限制和可连续生产等优点，20世纪90年代曾被广泛应用于集约化养鸡场的粪便处理。但该方法能耗较高，烘干尾气处理不当易造成二次污染。因此，当畜禽粪便含水率高或在煤炭资源短缺、环保要求高的地区，其使用性受到限制。
塔式好氧发酵法
采用塔楼式钢架结构，先将调节好水分的新鲜畜禽粪便移送到塔楼zui上层的承料翻板上。承料翻板每天翻动一次，将畜禽粪便从zui上层移动到下一层的翻板，如此类推，实现畜禽粪便从塔楼zui上层逐层下移，经过15d左右的发酵过程，水分可降至40%左右。该方法的优点是发酵效果好，二次污染小。但其致命的缺点是塔楼主体结构为钢结构，一次性投资很大;畜禽粪便直接和承料翻板接触，设备腐蚀严重，甚至有的存在安全隐患，发酵塔使用寿命短;北方寒冷地区冬季需加温才能保证好氧发酵正常运行。
沼气厌氧发酵法
是以畜禽场的粪便为原料，在沼气发酵装置中，在隔绝氧气的条件下，通过微生物的作用，zui终将其中的碳元素分解为可燃气体（沼气）。沼气厌氧发酵法适于处理集约化畜禽养殖场采用水冲式(或水泡式)清粪工艺的液态畜禽粪尿。
