牛粪、猪粪、鸡粪、秸秆加工生产有机肥，可根据市场需求生产粉状、颗粒状有机肥料 。这些原料生产有机肥时首先得进行发酵，对物料的发酵应在车间、大棚内进行，好的季节也可在露天进行，通过翻堆强制供给氧气，以利于好氧微生物菌做功。在堆肥初始阶段的1—3天，由于物料自身含氧基本可以满足微生物菌需要，好氧微生物菌首先分解易腐质，然后吸取其分解有机物的碳/氮营养成分，部分营养成分用于细菌自身繁殖，其余营养成分被分解为二氧化碳和水，同时放出热量使堆温上升。当温度处于25—45摄氏度时，中温菌微生物比较活跃；随着堆温不断升高，当温度处于45—55摄氏度时，高温微生物如嗜热菌、放线菌等逐渐占据主导地位，中温微生物受到抑制甚至死亡，有机质进行更快速的分解，使堆温迅速上升到60—70摄氏度挥或更高温度，这时除易腐有机质继续分解外，部分纤维素和木质素也逐渐被分解，腐殖质开始形成。实践证明，堆肥温度在60摄氏度以上三天，就能杀死物料中的寄生虫卵、病原菌和杂草种子，达到堆肥无害化的目的；但同时堆肥温度不宜超过70摄氏度，否则就会造成有益微生物菌的休眠甚或死亡。
物料堆置高度和宽度并没有严格的限制，但是，物料堆过低过窄，不利于堆温上升；过高过宽，不利于翻堆机作业。规模生产的物料堆以翻堆机作业能力而定，一般掌握在高1—1.5米、宽不大于翻堆机翻拌刀宽度即可。
利用生物有机肥生产设备发酵有机肥使物料有机质的降解主要是在上述描述的发酵阶段完成的，发酵时间的长短因物料和发酵条件的不同而不同，以瑞恒公司提供的菌种和技术，一般应在7—10天完成物料发酵。如果对发酵过程的各种参数能够进行有效控制，可以提高发酵的效率和产品质量。在此发酵基础上，随着堆肥温度的下降，中温微生物菌又开始活跃起来，堆肥进入二次发酵，这段时间可以称之为后陈化阶段。这有利于较难分解的有机物全部分解变成腐殖质、氨基酸等比较稳定的有机物。
随后对其粉碎、配料搅拌，造粒、烘干、筛分、包装销售。
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